Vor etwa 8.000 Jahren setzte eine Phase der Klimaerwärmung ein, begleitet von einer Ausdehnung der Blütenpflanzen nach Norden und Osten. Gemeinsam mit den Wäldern breitete sich die Dunkle Biene in nördliche Gefilde aus.
Vor etwas 8000 Jahren war die Dunkle Biene nördlich der Alpen, die alleinige einheimische Honigbiene. Sie passte sich über Jahrtausende geschickt an die vorherrschenden klimatischen Bedingungen an, was zu bemerkenswerten Eigenschaften führte. Diese beinhalten eine hohe Widerstandsfähigkeit gegenüber Kälte, eindrucksvolle Flugeigenschaften selbst bei windigem Wetter sowie die bemerkenswerte Fähigkeit, den Brutzyklus zügig den jeweiligen Trachtverhältnissen anzupassen.
Somit war die Dunkle Biene der Ursprung der Imkerei in Deutschland. Anfangs wurde sie im Rahmen der Waldbienenzucht gehalten, später auch in Klotzbeuten oder Geflechtkörben als Hausbienenzucht. Diese Dynamik hielt bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts an.
In laufe der Zeit wurden Bienenunterarten wie Carnica oder Ligustica wurden aus anderen Ländern eingeführt, was zu einer umfangreichen Hybridisierung der heimischen Bienenpopulation führte.
Durch den Einsatz von Königinnen aus verbliebenen Beständen in anderen Ländern konnte die Zucht der Dunklen Biene in Deutschland wieder aufgenommen werden. Dank moderner Betriebsweisen ist es heutzutage möglich, auch mit der Dunklen Biene wettbewerbsfähige Erträge zu erzielen.